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事業(yè)單位改革，將所有事業(yè)單位都納入了改革范圍，差額撥款事業(yè)單位是其中重要的一部分。差額事業(yè)編制的人員怎么改，主要看所在的差額事業(yè)單位怎樣變化。主要是三條途徑。
第一條途徑：轉(zhuǎn)為全額事業(yè)單位。之所以定性為差額撥款事業(yè)單位，主要是因為這類事業(yè)單位成立之時，具有一定的收費職能，或者說一定的收入方式。這樣，財政保障一部分，事業(yè)單位收入一部分，就可以滿足事業(yè)單位的正常運轉(zhuǎn)，以及人員工資的發(fā)放。隨著時間的變化，這種情況可能發(fā)生了變化。
第二條途徑：維持差額事業(yè)單位。這類事業(yè)單位無論職能職責(zé)上，還是運行方式上，都沒有發(fā)生什么變化，受改革的影響比較小。既承擔(dān)一定程度的公益職能，又有一定的收入來源，這類事業(yè)單位將維持不變，依舊是納入差額撥款事業(yè)單位序列，也就是事業(yè)單位分類改革中所說的公益二類。最具代表性的單位就有公立醫(yī)院、高等院校等。這些單位的人員，可能還是保持差額撥款事業(yè)編制人員。
第三條途徑：進行整體轉(zhuǎn)企改制。差額撥款事業(yè)單位原有一定收費職能，有的也可以參與市場經(jīng)營，而這類參與市場經(jīng)營的差額撥款事業(yè)單位，很有可能將進行轉(zhuǎn)企改制，變成國有企業(yè)。
