事業(yè)單位全額撥款和差額撥款區(qū)別在于財(cái)政預(yù)算來(lái)源不同、穩(wěn)定性上的阿不同和工作范圍上的不同。事業(yè)單位按照其收入來(lái)源分類，可以分為"全額撥款"、"參公(即參照公務(wù)員)"、"財(cái)政補(bǔ)貼"、"自收自支"事業(yè)單位四類。

1、兩者在含義上不同

全額撥款事業(yè)單位也稱為全供事業(yè)單位，也就是全額預(yù)算管理的事業(yè)單位，是其所需的事業(yè)經(jīng)費(fèi)全部由國(guó)家預(yù)算撥款的一種管理形式。

差額撥款事業(yè)單位，按差額比例，財(cái)政承擔(dān)部分，由財(cái)政列入預(yù)算；單位承擔(dān)部分，由單位在稅前列支，如醫(yī)院等。

2、兩者在穩(wěn)定性上不同

對(duì)于全額事業(yè)單位而言，是相對(duì)穩(wěn)定，是基于跟著國(guó)家進(jìn)行調(diào)控，存在著一定的穩(wěn)定性；

而差額事業(yè)單位存在的變動(dòng)可能性非常大，存在很大不確定的因素，因此也影響著工作的穩(wěn)定性。

3、兩者包括的范圍不同

差額事業(yè)單位包括醫(yī)院等有收入的又承擔(dān)政府社會(huì)職能的單位；自收自支管理的事業(yè)單位，主要是一些原來(lái)國(guó)有企業(yè)的行業(yè)主管局;

全額撥款的事業(yè)單位主要有圖書館、文化館、各級(jí)公辦學(xué)校、黨校、檔案局、文化中心、農(nóng)業(yè)局下屬的森防管理事業(yè)單位、動(dòng)物疫病控制中心、城建局下城市維護(hù)管理的如園林處等內(nèi)容。